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全球基本科学指标数据库（简称ESI）2012年统计显示：云南大学微生物学、化学两个学科已经进入ESI全球前1%，同时该校还有15篇主要分布于微生物学、化学以及数学、物理学等学科的论文进入了ESI的高影响力论文（指论文的被引用次数位于所在学科的全球前1%）。这标志着云南大学基础研究原始创新能力大幅提升，一批重要的科研成果在全球范围产生了重要的影响。
ESI是当今世界范围内普遍用以评价大学和科研机构国际学术水平及影响的重要指标，绝大多数国家已将进入ESI学科排名前1%的学科定义为在国际上具有优势和特色的学科。
通过10年建设，云南大学微生物学科先后获准为首批省部共建国家重点实验室培育基地、教育部西南微生物多样性重点实验室。领衔获云南大学生物学一级学科博士授权点，微生物学国家级重点学科，云南省首批重点建设学科群。研究报道了占全国90%、全世界55%的捕食线虫丝孢菌，修订并建立了捕食线虫丝孢菌新的分类系统并得到国际同行认可；报道了占全球65%的食线虫真菌侵染性丝氨酸蛋白酶及编码基因，完成了重要侵染蛋白酶及其编码基因的功能研究；研发的国内首个杀线虫生物农药“线虫必克”、甘蔗糖蜜高效发酵生产酒精新技术等一批重要成果在省内外推广应用。化学学科是云南大学的传统优势学科，是云南省第一个化学学科博士点，主持或参与了国家自然科学基金重点项目、“973”计划、“863”计划等多个国家或省部级重要科研项目。近3年来该学科获5项科技奖励，并在国际顶尖化学期刊上发表了多篇有较大影响力的论文。
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